O início do curso de graduação tem ligação direta com a chegada da família real portuguesa ao Brasil, apesar de ter permanecido no Estado apenas um mês e dois dias.
Em 1º de abril de 1813 a escola se transformou em Academia Médico-Cirúrgica e em 03 de outubro de 1831 recebeu o nome de Faculdade de Medicina da Bahia. No final de 2013, diplomou sua 234ª turma de médicos.